Un seul gestionnaire de paquets : adieu Snap, Flatpak et binaires à la main

Publié le 22 Sep 2026 · #apt, #debian, #linux-mint, #flatpak, #snap

Il fut un temps où mes outils s’installaient chacun à sa façon : un Snap par-ci, un Flatpak par-là, un script curl | bash quand il n’y avait rien de mieux. Résultat : des mises à jour dispersées entre trois gestionnaires, des versions différentes selon les applications et un système dont je ne savais plus exactement ce qu’il contenait.

Récemment, j’ai tout nettoyé. Objectif : un seul gestionnaire de paquets, APT, avec un apt upgrade qui met à jour l’ensemble du système.

Faire l’état des lieux

Avant de nettoyer, il faut savoir ce qui traîne. Deux commandes m’ont permis de repérer les paquets installés hors dépôt et les binaires manuels.

1. Les paquets installés mais sans provenance de dépôt

Un paquet installé qu’aucun dépôt ne référence est presque toujours un .deb téléchargé à la main — qui ne se mettra jamais à jour avec le reste du système :

dpkg-query -W -f='${Package}\n' | while read -r pkg; do
  if ! apt-cache policy "$pkg" 2>/dev/null | grep -E -q '500|1000|100 '; then
    echo "Hors dépôt : $pkg"
  fi
done

2. Les exécutables manuels dans /usr/local/bin

Cette commande sépare ce qui appartient à un paquet APT de ce qui a été recopié à la main :

for f in /usr/local/bin/*; do
  [ -e "$f" ] || continue
  pkg=$(dpkg -S "$f" 2>/dev/null | cut -d: -f1)
  if [ -n "$pkg" ]; then
    echo "APT ($pkg) : $f"
  else
    echo "MANUEL / HORS-APT : $f"
  fi
done

L’inventaire établi, place aux remplacements.

Rocket.Chat : du Snap au dépôt APT personnel

Rocket.Chat était le seul paquet Snap de mon système — un second gestionnaire de paquets pour une seule application. Problème supplémentaire : Rocket.Chat ne publie qu’un .deb par version, sans mise à jour automatique.

J’en ai profité pour l’intégrer à mon dépôt APT personnel apt-overlay, présenté dans l’article Mon premier dépôt APT avec apt-overlay. Le .deb publié sur GitHub est désormais reconstruit chaque nuit et indexé : les mises à jour arrivent par un simple apt upgrade, comme pour n’importe quel paquet natif.

Inventaire et désinstallation Snap :

snap list                                        # lister les applications snap installées
sudo snap services rocketchat-server             # voir les services de l'application
sudo snap stop rocketchat-server                 # les arrêter
sudo snap remove rocketchat-server --purge       # désinstaller + purger les données

Désactivation des services système liés à snapd

Contrairement à Flatpak, Snap installe un vrai démon (snapd) ainsi que plusieurs unités systemd qui tournent en arrière-plan. Une fois plus aucun Snap utilisé, autant les désactiver :

systemctl list-units --all | grep -E 'snap|snapd'            # lister les unités liées à Snap
systemctl status snapd snapd.socket snapd.seeded.service snapd.apparmor.service
sudo systemctl stop snapd snapd.socket snapd.seeded.service snapd.apparmor.service
sudo systemctl disable snapd snapd.socket snapd.seeded.service snapd.apparmor.service
sudo systemctl mask snapd                                     # empêcher tout redémarrage

Nettoyage final : suppression du paquet snapd et des fichiers restants :

sudo apt remove --purge snapd
sudo rm -rf /var/snap /snap /var/lib/snapd

Les profils AppArmor résiduels

Snap s’appuie sur AppArmor pour confiner ses applications et y dépose des profils dans /etc/apparmor.d/. Même après la purge du démon, il peut rester des fichiers snap.* orphelins. Vérifier :

ls /etc/apparmor.d/ | grep -i snap

Si des profils traînent, les supprimer puis recharger AppArmor :

sudo rm -f /etc/apparmor.d/snap.* /etc/apparmor.d/*snap*
sudo systemctl reload apparmor

DBeaver : du Flatpak au dépôt officiel

DBeaver me servait en Flatpak, mais l’éditeur fournit aussi un dépôt APT officiel. Récupérer la clé GPG, ajouter la source, installer comme un paquet natif — et voilà les mises à jour gérées par le système :

sudo wget -q -O - https://dbeaver.io/debs/dbeaver.gpg.key | sudo gpg --dearmor -o /etc/apt/keyrings/dbeaver.gpg.key
echo "deb [signed-by=/etc/apt/keyrings/dbeaver.gpg.key] https://dbeaver.io/debs/dbeaver-ce /" | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/dbeaver.list
sudo apt-get update && sudo apt-get install dbeaver-ce

Remmina : retour au dépôt de la distribution

Remmina, le client RDP/VNC, était lui aussi installé en Flatpak. La version fournie par le dépôt de la distribution me suffit largement, sans le surcoût d’un sandbox complet. J’ai complété avec les plugins RDP et VNC, eux aussi disponibles dans le dépôt :

sudo apt install remmina remmina-plugin-rdp remmina-plugin-vnc

Le grand ménage Flatpak

Une fois les remplacements effectués, il reste à purger les applications Flatpak. Chaque application embarque en plus des runtimes partagés, parfois volumineux :

flatpak list                                    # lister les applications installées
flatpak uninstall --user --delete-data <App_ID> # désinstaller + effacer ses données
flatpak uninstall --unused                      # retirer les runtimes devenus inutiles

Le --delete-data est important : sans lui, les données de l’application restent dans ~/.var/app. Flatpak étant un gestionnaire par utilisateur, il ne laisse aucun service système à désactiver : pas de démon, rien qui tourne en continu une fois tout désinstallé.

Le ménage des données résiduelles

Même après désinstallation complète, flatpak laisse des traces qui peuvent peser lourd : les données applicatives, le cache et surtout le dépôt système /var/lib/flatpak. Sur ma machine, ils représentaient encore plus de 100 Mo. Dernière passe de nettoyage :

rm -rf ~/.var/app ~/.local/share/flatpak ~/.cache/flatpak # résidus utilisateur
sudo rm -rf /var/lib/flatpak                              # dépôt système (112 Mo chez moi)

Pas d’inquiétude : ces répertoires sont de simples données, pas des binaires. Flatpak les recrée automatiquement à la prochaine installation — il faudra simplement re-télécharger la clé de confiance de flathub et le cache appstream.

Conclusion

Mon système ne connaît plus qu’un seul gestionnaire de paquets. Les bénéfices se font sentir immédiatement :

Mises à jour uniformes : un seul apt upgrade suffit, tout est cohérent ;
Moins d’espace disque : fini les runtimes dupliqués et les snap volumineux ;
Un système auditable : tout est répertorié par dpkg, rien ne traîne hors de contrôle ;
Moins de surface d’attaque : plus de daemons cachés (snapd) qui tournent pour rien.

Cette démarche prolonge naturellement mon dépôt APT personnel apt-overlay : désormais, chaque outil s’installe comme un vrai paquet natif et se met à jour avec le reste du système.